三峡云海立足本土资源特色，每年以销售额的5～10%投入到资源培植与产品研发。通过与北京大学、成都中医药大学、重庆中药研究院等多家科研院所建成的产学研合作体系，已在泌尿、呼吸、心脑血管、皮肤、妇科等疾病药用资源及药用制剂的培植与研发上进行了大量工作。其中，五个药材基地获得国家产业开发资金资助；3个药用制剂获得科技创新资金资助；其中，已开发完成获得生产批件的皮肤病用药百癣夏塔热胶囊纳入重庆市重点新产品发展计划。调节内分泌，提高机体免疫力的补肾类用药还少胶囊通过技术创新，成为唯一批准生产的国家中药保护品种；咽喉疾病类用药玄麦甘桔颗粒已独家开发出无糖型产品，扩大了临床范围。还有一系列在研药品分别处于药学研究、药理研究、临床申报、生产报批等不同药品注册阶段。